Antes de contar con la estructura con que se conoce en nuestros días, el Palacio de Gobierno, tuvo sede en las antiguas casas reales, ahí se encontraban las oficinas de los altos mandos y además en ese mismo recinto, sus habitaciones. Fue hasta el final de la guerra de Independencia cuando se le otorga el nombre de palacio de gobierno y a finales del siglo XIX fue demolida para construir el que se observa hasta fechas actuales.
Se inauguró el 15 de septiembre de 1892. En un principio se concentraron aquí todas las dependencias gubernamentales que rigen al estado, sin embargo con el correr de los años muchos de estas oficinas han encontrado sus sedes en diferentes lugares quedando en este palacio únicamente la oficina del Gobernador, la Secretaría General de Gobierno, la Oficialía Mayor y las Direcciones Jurídica y de Prensa. El lugar está dividido en dos plantas unidas por una escalera de piedra y cantera, en su interior se puede observar una réplica de la campana de Dolores, colocada de manera muy cuidadosa sobre la ventana central del edificio.
Actualmente alberga las oficinas del gobierno del estado. En la planta alta se encuentra el Salón de Actos, donde se presenta la historia de Yucatán a través de diferentes pinturas realizadas por Fernando Castro Pacheco, las cuales están distribuidas en las dos plantas del edificio: galerías, salón de historia y cubo de la escalera.
El Palacio de Gobierno resume así la vida política del Estado. Se encuentra abierto de: 8:00 a.m. a: 10:00 p.m. y recibe constantes visitas de turistas, para las cuales en la entrada principal se encuentra un módulo de información turística que ofrece sus servicios de: 8:00 a.m. a 9:00 p.m. de lunes a domingo.